Апостольская Православная Церковь формально была создана в 2000 году, однако ее духовные корни восходят к Российской Истинно-Православной (Катакомбной) Церкви, которая отказалась сотрудничать с безбожной коммунистической властью и была жестоко гонима на протяжении десятков лет. С другой стороны, Апостольская Православная Церковь признает и положительный опыт так называемого «обновленческого» движения 1920-х годов по реформации Православия, но при этом категорически не приемлет искажений вероучения, подчинения Церкви государству и сотрудничества со спецслужбами.
Иерархия Апостольской Православной Церкви восходит к независимой Украинской Церкви, которая в начале 1990-х годов разделилась на две ветви: на Украинскую Православную Церковь Киевского Патриархата во главе с Патриархом Филаретом (Денисенко) и Украинскую Автокефальную Православную Церковь, Патриархом которой стал епископ Переяславский и Сичеславский Димитрий (Ярема). В 1996 году инициативные группы Российского православного духовенства и мирян обратились к Патриарху Киевскому Димитрию (Яреме) с просьбой о каноническом восстановлении епископата Истинно-Православной Церкви. 17 декабря 1996 г., по благословению Патриарха Димитрия, епископы Иоанн (Модзалевский) и Мефодий (Кудряков) хиротонисали во епископа архимандрита Российской Истинно-Православной церкви Стефана (Линицкого), от которого Апостольская Православная Церковь в дальнейшем получила апостольское преемство.
31 января 2000 года архиепископ Стефан (Линицкий) и епископ Кириак (Темерциди) вместе с отцом Глебом Якуниным провели пресс-конференцию, на которой объявили о создании движения «За возрождение Православия». В первой половине 2000 года были рукоположены Виталий (Кужеватов), епископ Орехово-Зуевский (ныне – митрополит Московский), и Ростислав (Мельников), епископ Волжский (ныне – архиепископ). 13 мая 2000 года появилась Декларация о создании Православной Церкви Возрождения, которая вскоре была переименована в Апостольскую Православную Церковь.
8 сентября 2000 года Апостольская Православная Церковь причислила к лику святых как священномученика и просветителя протоиерея Александра Меня.
В июле 2003 года часть архиереев Апостольской Православной Церкви присоединилась к Российской Истинно-Православной Церкви митрополита Рафаила (Прокопьева).
В 2004 году Апостольская Православная Церковь (под омофором митрополита Виталия (Кужеватова)) совместно с Апостольской Православной Церковью в Республике Бурятия (под омофором митрополита Дионисия (Агапова)) образовали конфедерацию, которая была зарегистрирована в Министерстве юстиции Российской Федерации как Централизованная религиозная организация «Объединение православных общин апостольской традиции» (свидетельство о регистрации № 644 от 6 мая 2004 г.).
В 2006 году в Церкви появились три новых епископа: Арсений (Зубаков), епископ Венский и Ривьерский, Виктор (Веряскин), мирополит Киевский, Сергий (Савиных), архиепископ Бернский и Западноевропейский. В 2007 году был рукоположен Владимир (Мочарник), епископ Черногорский и Закарпатский. В 2008 году в сущем сане был принят епископ Геронтий (Хованский), архиепископ Сумской и Винницкий.
6-7 сентября 2008 года в Москве завершился Собор Апостольской Православной Церкви, на котором были приняты различные церковные документы и причислен к лику святых как святитель и исповедник архиепископ Ермоген (Голубев).
В этом же году Апостольская Православная Церковь установила евхаристическое общение с Церковью Святой Веры Восточных Христиан (Колумбия) и с Украинской Автокефальной Православной Церковью в Мексике.
